中药指纹图谱研究进展
王学斌1，何娟*1，刘晓哲2
(1. 河南工业大学化学化工学院, 河南 郑州 450052；
2. 河南省南阳市药品检研所，河南 南阳 473056)

摘要：中药指纹图谱是中药现代化关键问题之一。中药指纹图谱具有特征性、重要性和可操作性。中药指纹图谱的建立，将对中药的规范化、标准化、产业化和国际化提供规范、科学的技术标准，对保证中药产品的质量，促进中药现代化和走向国际市场有重要的指导意义。
关键词：中药；指纹图谱
ABSTRACT: Chinese traditional medicine fingerprint is one of the crucial problems in its modernization. Chinese traditional medicine fingerprint has its characterization, importance and accessibility. The establishment of the fingerprint is to offer formal and scientific technology standard to the criterion, standardization, industrialization and globalization of traditional medicine, and has important instructive signification on the traditional medicine modernization and entering into the world market.
KEYWORDS: Chinese traditional medicine; fingerprint

     中药在中国虽然有上千年的实际应用历史，但由于中药材品种繁多，地区用药习惯各异，古代本草记载简单，误传错用和用药演变的因素，导致中药材同物异名，同名异物以及正品、非正品都入药的混乱现象非常严重。更为普遍的是，影响中药成分的因素复杂，即使是同一药材，其有效化学成分常因生态环境、采集时间、储存和炮制方法等不同而有差异，孙思邈在《千斤翼方》中写到：“夫药采取不知时节，不以阴干暴干，虽有药名，终无药实，故不依时采取，与朽木无殊，虚费人工，卒无裨益。”这说明在我国古代就意识到不同的采集时间对药品质量的影响。因此，如何宏观地从整体上综合分析中药的质量已成为必然的发展趋势。事实上，在人类进入信息科学和系统科学时代以后，人们的科学认识观念正在更新，综合分析和整体分析正成为现代科学发展的必然趋势。在寻求综合评价中药质量的过程中，指纹图谱的应用被认为是中药质量控制走上现代化的标志，因此它提供的有关质量的综合信息比单一成分的含量要丰富和有用的多。

1. 指纹图谱的起源发展
    “指纹（fingerprint）鉴定”开始于19世纪末20世纪初的犯罪学和法医学。研究发现，人的指纹基本有拱形（arches）、环形（loops）、和螺纹形（whorls）3种基本模式，即指纹所具有的共同特性，但每一个人的指纹在细微处是绝对不同的，也正是抓住这种指纹的“绝对唯一性”，为法医鉴定提供了非常有价值的线索。由于基因学的发展，近代将指纹分析的概念结合生物技术延伸到DNA指纹图谱及未知的组分进行控制，并形成相应的规范。最近几年国内有关学术期刊也刊登了一些应用高效液相色谱法研究指纹图谱的论文，这与高效液相既有个体的“唯一性”，根据分析目的不同，也可忽略个体之间的差异，寻找整个物种的“唯一性”。
    指纹图谱技术应用于植物药质量控制可以追溯到上个世纪70年代初，随着色谱技术尤其是薄层技术的发展，人们大量采用薄层色谱(TLC)的方法，将植物药中的化学成分展开于由各种担体铺成的薄层板上。根据薄层板上斑点的位置（RF）值，斑点大小，斑点颜色，斑点数目的多少来进行定性鉴别，这种薄层鉴别方法已经具备了指纹图谱特征，并被广泛应用。我过“七五”“八五”“九五”期间有关中药质量标准化研究攻关课题中均采用薄层鉴别方法。中国药典自1990年版开始，[一部]中药及中成药的薄层色谱鉴别有了很有意义的进展和变化，即为了解决没有化学对照品无法鉴别，有化学对照品专属性不够的问题，增加了对照药材。中国药典2000年版[一部]共收载602种药材及成药品种。其中有992个薄层色谱鉴别[1]。20世纪70年代及80年代，由于薄层扫描仪的出现，使的薄层鉴别方法得到进一步发展，日本和我国部分学者用当时的薄层扫描仪得到的复方成药扫描图谱作为色谱指纹图尝试应用于药材及成药分析。现代天然药物化学，分析化学，仪器分析及计算机科学的发展，人们可以对药材的不同有效部分，采取各种有效手段建立药材的指纹图谱，现在已研究探索的方法有薄层色谱（TLC）、气相色谱（GC）、高效液相色谱（HPLC）、高效毛细管电泳色谱（HPCE）、紫外吸收光谱（UV）、红外吸收光谱（IP）、核磁共振（NMP）、质谱（MS），以及气质联用（GC-MS）、液质联用（HPLC/MS）等等，近年来，国外对植物药的质量控制已经大量采用指纹图谱的形式。如对银杏叶制剂的质量控制，不仅需要测定总黄酮和总内酯的含量，而且对总黄酮中槲皮素，山奈酚和异鼠李糖的比例等都明确规定了范围。同时国外研究人员已经把目光转移到中药材的质量评价研究上来，利用多种分离到的化学成分作为对照品进行定性和定量分析，制定出不同来源药材的TLC和HPLC指纹图谱。西方国家（如德国，美国，加拿大等）普遍采用高效液相色谱法对植物中已知成分分析与色谱法的优点是分不开的。
2. 中药指纹图谱的定义
    中药指纹图谱是借用了法医学的指纹鉴定的概念，但不是概念的重复。即有次生代谢产物组成的中药提取无的色谱指纹图谱不仅具备个体的绝对的唯一性，更强调的是物种特征的唯一性与同种个体之间的相似性。
所以，谢培川先生对中药色谱指纹图谱给出了以下定义：
中药色谱指纹图谱是一种综合的、可量化的色谱鉴定手段。借以鉴定真伪，评价原料药材，半成品和成品质量均一性和稳定性。其基本属性是“整体性”和“模糊性”。这一定义说明中药色谱指纹图谱是一种综合的整体鉴定手段，其功用范围在于鉴别真伪，并还可评价药材的质量均一性和稳定性。通常人们所说的指纹强调的是个体筹异，即个体特异性，因为每个人的指纹都不同。但中药指纹图谱强调的是同种药用植物的共同特征性，因此具有整体性。借此可以对不同种属药材进行鉴别。对于同种植物，对照样品与待测样品指纹图谱的相似性，可依据相似度来确定，不是完全相同，因此，中药指纹图谱也具有模糊性。借以鉴别真伪，评价原料药材，半成品和成品质量均一性和稳定性。中药指纹图谱是从一个整体、全面、综合的角度对中药材进行鉴别。
3. 中药指纹图谱的分类
    狭义的中药指纹图谱是指中药化学(成份)指纹图谱。广义的指纹图谱则可按应用对象、测定手段进行不同的分类 。
3.1 按应用的对象分类
    中药指纹图谱可用于中药研究、生产的各个阶段，因而可分为中药材指纹图谱、中药原料药(包括饮片、配伍颗粒)指纹图谱和中药制剂指纹图谱。细分还包括中药生产过程中间产物的指纹图谱。中药材指纹图谱的制定对于中药材GAP基地建设、中药材标准种植规范(SOP)、选择优良种植资源和药材道地性研究极为重要。而建立完整的中药材、中药原料药和中药制剂指纹图谱则可对中成药生产的全过程进行质量监控，对保障最终产品的质量稳定起重要作用。
3.2 按测定手段分类
    中药指纹图谱可分为中药化学(成份)指纹图谱和中药生物指纹图谱。中药化学(成份)指纹图谱多运用色谱、光谱技术测定。而中药生物指纹图谱则包括中药材DNA指纹图谱研究中的中药基因组学指纹图谱、中药蛋白组学指纹图谱。
4. 中药指纹图谱测定方法
    技术上实现中药指纹图谱，需要结合现代分析手段。针对中药指纹图谱的研究所涉及方法种类繁多，主要采用色谱方法分离特征成份，采用UV、IR、MS等光谱波谱方法鉴定化合物的结构，提高指纹图谱的可靠性。测定方法主要包括TLC、HP-TLC、HPCE、GC、GC-MS、HPLC-DAD、HPLC-ELSD、HPLC-MS、HPLC-DAD-MS-MS、IR、UV导数光谱，NMR、X-射线衍射以及DNA探针和生物色谱技术等。其中色谱方法是主流方法，尤其是TLC、HPLC、GC技术已成为3种公认常用的指纹图谱分析手段。其中特别又以HPLC分离效率(柱效)高、分析速度快、应用范围广、检测器种类多、灵敏度高，稳定性、重复性好而备受推崇，是所有光谱色谱分析中最适合绘制指纹图谱的方法,成为制备指纹图谱的首选方法。
5. 指纹图谱的应用
   目前，普遍意义上的中药指纹图谱指的就是色谱中药指纹图谱，国家药品监督管理局在《中药注射剂指纹图谱研究的技术要求(暂行)》中推荐使用色谱指纹图谱。色谱指纹图谱包括薄层色谱(TLC)、气相色谱(GC)、高效液相色谱(HPLC)、高效毛细管电泳(HPCE)以及它们与光谱、波谱联用的指纹图谱。以下将对近几年来色谱指纹图谱及联用技术的应用加以介绍。
5.1 薄层色谱(TLC)指纹图谱
    薄层指纹分析法是对组分体系特别是中药成份分析的重要手段，既可用于定性也可用于定量，具有分离和鉴别双重功能，且快速、经济、使用范围广。目前广泛运用于多基源品种、含同一成份的不同植物(药材)的鉴别。不足之处是灵敏度欠佳，对微量成份检出较难。谢培山先生先后使用CAMAG系列薄层扫描仪对人参及其制剂、黄连[2] 和高良姜中的黄酮类成份等进行了薄层色谱指纹分析；测定了进口成药爱活胆通中的熊果酸、赝靛及其制剂中的马卡因(Maaekiain)；对魔鬼爪浸膏及制剂帕歌斯风湿乐片中的环烯醚帖甙类成份哈帕甙进行分析；比较了紫锥花干浸膏及其制剂的TCL测定与HPLC分析[3]。结果显示薄层扫描法和高效液相色谱法是互为补充的两种不同体系的色谱法。罗敏等[4]研究了五种蛇胆的薄层色谱指纹图谱。聂孝平等[5]用薄层指纹图谱法鉴别克瘾宁胶囊中的延胡素和夏天无,方法快速,结果直观,可用于该制剂的质量控制。蒋轶伦等[6]采用TLC法对中药材丹参的有效成分进行了指纹图谱分析。袁旭江等对不同产地广藿香药材薄层色谱指纹图谱研究。
5.2 高效液相色谱(HPLC)指纹图谱
    HPLC是具有高灵敏度、高选择性、高效、快速的分离分析技术。在药品的质量控制、中药的成份研究等方面都是重要的分析手段，药典中鉴别项下越来越多的使用到此方法。它给出的是高分辨率的轮廓图谱，重现性好，操作相对容易，而且相比于薄层色谱是封闭系统色谱，在线操作外界因素小，色谱稳定性好，在线检测设备可选性较大，很适合指纹图谱的实验研究和应用。因此，建立中药色谱指纹图谱，HPLC方法是最基本的选择。同气相色谱(GC)一样，液相色谱联用技术是中药研究中最受重视的手段。HPLC-UV、HPLC-DAD、HPLC-MS、HPLC-NMR、HPLC-MS-MS、HPLC-ELSD等联用技术给复杂样品的分析带来了无限的活力，为中药研究提供了最丰富的信息，成为了中药指纹图谱研究最强大的武器。瞿为民等[8]报道了人参、西洋参及三七参的HPLC指纹图谱；刘艳华等[9]得到了丹参的HPLC指纹图谱；游松等[10]发表了银杏叶注射剂指纹图谱的研究论文；朱莲华等[11]用HPLC-FPS对不同产地何首乌的甲醇提取液和氯仿一甲醇提取液进行分析；周玉新等[12]以HPLC梯度洗脱法对三七原药材、三七总皂苷提取物及三七总皂苷注射液进行了指纹图谱的研究,方法可操作性强、重复性好；颜玉贞等[13]用优化的HPLC条件，梯度洗脱，紫外检测测定了西青果与不同种诃子的指纹图谱。另有文献建立刺五加[14] 、连翘[15]、红花[16]、川芎[17]、芍药总苷[18]的指纹图谱，以鉴别区分不同来源不同产地的中药材；游松[19]等以芦丁为内标物,采用HPLC梯度洗脱法对银杏叶药材，中间体及其注射剂中间体进行了指纹图谱研究，得到分离度，重现性较好的指纹图谱,有助于银杏叶药材的标准化种植及其制剂的质量控制;秦晨[20]等通过大黄主要化学成分的高效液相色谱法指纹图谱研究分析并比较了7种大黄的化学成分的差异，绘制了条形图和检索表。通过对大黄鉴定研究总结了7种大黄间的异同; 颜玉贞[21]等用HPLC—ELSD法测定银杏叶中的4种萜类内酯含量;王花红等[22] 以乙腈-磷酸梯度洗脱，用高效液相色谱法建立了山茱萸药材的指纹图谱。
    在注射剂指纹图谱方面，有的已做得相当全面，对药材、中间体及注射剂均作了指纹图谱研究，并比较三者的相关性，已报道的有三七注射液[23]、复方人参注射液[24]。另外报道的有注射用七叶皂苷钠的HPLC-ELSD指纹图谱[25]、双黄连制剂及药材的数字化色谱指纹图谱[26]及参麦注射液HPLC指纹图谱的多元统计学分析[27]，为中药注射液的质量控制提供一定依据。
5.3 气相色谱(GC)指纹图谱
    气相色谱方法具有高效、高灵敏度、样品用量少和分析速度快等优点，主要用于中药挥发性成份的分离鉴定。吴忠[28]对内含多种挥发性成份的中药复方制剂仲景胃灵片建立GC指纹图谱，为该成份复杂的中成药提供了一种有效的质控方法。洪筱坤、王智华等建立了柴胡[29]、檀香[30]及麝香[31]的气相色谱相对保留值指纹图谱(GC-FPS)。钱浩泉等[32]建立了高良姜及其近缘植物挥发油成份的气相色谱指纹图谱，与混淆品有明显的区别。苏薇薇[33]对45个细辛样品进行了分析，并从挥发油样品总离子流图中得到不同种细辛的数量化分类特征，并进行PRIMA(Patterm Recognition by Independent Multicategory Analysis)法处理，实现了3种细辛的计算机分类鉴别，结果与实际相符合。凌大奎等[34]根据规范化的色谱条件测定砂仁、当归、苍术、柴胡、藁本和香附等6种常用中药的挥发油成份的气相色谱保留指数谱。利用GC-MS和GC-FTIR对各主要成份作出了定性鉴别，对GCRIs用于中药材的鉴别进行了比较系统的可行性研究。另有文献建立了香附[35]和白芷[36]气相色谱保留指数谱GCRIs。
5.4 高效毛细管电泳(HPCE)指纹图谱
    毛细管电泳（HPCE）是九十年代迅速发展起来的一项色谱技术,毛细管电泳(CE)包括毛细管凝胶电泳(CGE)，毛细管等电聚焦(CIEF)，毛细管等速电泳(CITP)，毛细管区带电泳(CZE)和胶束电动毛细管色谱(MECC)等，2000年药典刚刚将其接受为法定方法，是一种特别适于检测中草药指纹图谱的方法。本法具有分离模式多、柱效高、速度快、使用范围广、所需样品量和试剂量少、毛细管易于清洗、可直接分析水溶液等特点，在中药分析中越来越显示其优越性，被成功地用于生物碱、黄酮、酚酸、香豆素、醌类、强心甙、皂甙等成份[37]的分析及三黄泻心汤、金银花、银黄口服液、双黄连口服液[38]指纹图谱的绘制。用HPCE建立的冬虫夏草指纹图谱[39]可用于其真伪优劣的鉴别。也适合含氨基酸、蛋白质、生物碱类及动物类药材及制剂的指纹图谱研究。胡平等[40]提取菟丝子种子植物蛋白，用本法进行生药鉴定，根据其电泳图谱，可有效鉴别菟丝子来源。
5.5 高速逆流色谱（HSCCC）
   高速逆流色谱（HSCCC）[41]是当前国际上较新型的液—液分配色谱技术。它利用相对移动的两种互不相溶溶剂，在处于动态平衡的两相中将具有不同分配比的组分分析。分析型HSCCC的分离度和重现性与HPLC相似，但仪器价格低廉，性能可靠，分析成本低，易于操作，在中药指纹图谱研究方面有着广阔的应用前景。
5.6 联用技术
   将色谱法良好的分离能力与波谱法特有的结构鉴别能力相结合，已成为非常有效的分离鉴定手段。GC-MS，LC-MS等联用技术日趋成熟，阵列二级管检测器（DAD），蒸发光散射检测器（ELSD）已为众多实验室采用，HPLC-中药指纹图谱将不再是单一紫外检测的色谱图。以DAD检测为例，不仅能够给出HPLC指纹图谱中每个峰的紫外图谱，对测定波长进行优化选择，还可以检测峰的纯度以及各峰化学成分进行溯源。中药成分复杂，挥发性成分用GC及GC—MS分析，非挥发性成分用LC及LC—MS分析，将化合物在色谱上的保留行为和分子结构及分子量信息结合起来，在现代中药研究中正挥发着重要作用。盛龙生[42]等用HPLC-MS技术对三七药材和注射液进行了指纹图谱研究，不仅获得了可用于三七质量控制的指纹图谱，还对其主要成分进行了MS归属;曹进等[43]利用LC-MS联用技术对桂枝汤A部分及组成桂枝汤的五味单味药的A部分进行了多维多息化学特征谱的指认，通过质谱中质荷比(m/z)值及HPLC的峰保留时间的相互对照，将桂枝汤A部分中的主要成份进行了归属。
6. 中药指纹图谱建立的意义与原则
    中药指纹图谱建立的是全面反映中药所含内在化学成分的种类与数量，进而反映中药的质量，尤其在现阶段中药有效成分绝大多数没有明确，而且由于操作者的经验、手段和掌握标准的差异，常产生一定的主观误差。为加强中药注射剂的质量管理，国家药品监督管理局制定并颁布了《中药注射剂指纹图谱研究的技术要求（暂行）》，规定中药注射剂在固定中药材品种产地和采收期的前提下，必须制定中药材，有效部位或中间体以及注射剂的指纹图谱，以确保中药注射剂的质量稳定、可控。采用中药指纹图谱的方式将有效地表征中药质量。同时指纹图谱也为国际社会所认可，有利于中药及其产品进入国际市场。
6.1 为规范中药材质量评价体系提供科学技术平台[44]
    中药材的传统鉴定一般是通过基原、形状、显微和理化等鉴定方法来完成的，这些方法都具成效，但存在着专属性不强的缺点。现行中药材质量控制标准主要是测定两种“有效成分”或“指标成分”的含量，由于不同中药材可能含有相同的有效成分，测定该成分往往无助于中药材的真伪鉴别，也无法说明不同中药材的用药特点。其次，由于一味中药材本身就是一个小“复方”，内含非常复杂的化学成分，同一化学成分可以有不同的药理活性，不同的化学成分也可以产生相同的药理活性，而且中药辨证施治应用的是药味，并非某个化学成分，即中药的疗效是多种成分协同作用的结果。一味中药材在复方配伍应用中，由于所处的地位（君臣佐使）不同，其发挥药效作用的成分也可能不同，而且中药材还有许多未知的化学成分存在。所以仅依靠测定一两种化学成分的含量往往难以反映中药多成分、多指标和多靶点的作用特点。中药材指纹图谱研究的基础，在一定程度上为实现通过控制中药材的整体信息特征来控制其质量的方法成为可能，将为进一步规范和完善中药材质量评价体系提供科学的技术平台。
6.2 促进中医药行业和中药产业质量控制的规范化
    对中医药行业来说，进行中药材指纹图谱研究将进一步规范中药材的质量控制标准。目前中医药行业质量的规范化标准，在对外贸易中常因国外商家提出的苛刻质量要求而降低自己产品等级，甚至出现恶意压价销售产品的行为。这些情况严重影响了中药材在国际市场上的声誉，也造成了国内药材市场的极大混乱。在制定了能够反映中药材质量的规范化标准以后，不但能够形成出口产品质量的标准化和规范化。也可以有理有据的对待国际贸易中出现的各种质量纠纷，在一定程度上可保证中药材及其产品价格稳定，使之不再重复近年来中药产品销量增加而总销售额降低的尴尬局面。
    对于中药产业来说，中药材指纹图谱的制定不但对中药产品质量的稳定起到保障作用，而且可以提高行业和产业的管理水平。在许多中药的有效成分尚不十分清楚以前，首先，保证中药材质量的稳定，将在一定程度上能够保证中药单味提取颗粒剂，中药材提取物、中间体和中成药质量的稳定和可控。中药材指纹图谱的制定还可以促进中药材种植的产业化、规范化和标准化，为进一步推广GAP，规范和提高《中华人民共和国药典》对中药材及复方质量控制的标准提供科学依据。
6.3 加速中药数字化的进程
    进行中药材指纹图谱研究的过程，也是对中药进行数字化表述和数据库积累的过程。无论是建立反映中药整体化学信息的色谱或光谱，还是建立反映中药基原的分子生物信息谱，都需要对中药的特征进行定性和定量表述，以便更高效，全面地反映中药的综合信息特征，中药材指纹图谱的制定，是以不同产地、品种和采收时间的中药材为研究对象，将反映它们之间本质属性的特征以数字的形式表达出来，达到以数字化形式来描述中药真伪优劣的目的。中药材指纹图谱的深入研究将进一步加速中药数字化的进程。
6.4 中药指纹图谱建立的原则
    中药指纹图谱的建立，应以系统的化学成分研究和药理学研究为依托，应体现系统性、特征性、重现性[45]三个基本原则。
系统性：
“系统性”是指指纹图谱所反映的化学成分包括中药有效部位所含大部分的种类，或指标成分的全部。如银杏叶的有效成分是黄酮和银杏内酯类，则其指纹图谱可采用两种方法针对这两类成分分别分析，以达到系统、全面的目的，三七主要的有效成分是皂甙，则其指纹图谱应尽可能多地反映其中的皂甙成分。
特征性：
“特征性”是指指纹图谱中反映的化学成分信息（具体表现为保留时间或位移值）是具有高度选择性的，这些信息的综合结果，将能特征地区分中药的真伪与优劣，成为中药自身的“化学条码”。中药指纹图谱不论是中药材，还是中成药，中药方剂，一定要能体现该中药（药材和复方）的特征。当然也有可能用一张指纹图谱不是以表现其全部特征；而用几张指纹图谱来表现某种中药（药材或复方）的各个不同侧面的特征，从而构成其全貌。但对其中的每一张图谱仍应有特征性（专属性）的要求。如三七的高效液相色谱（high performance liquid chromatography HPLC）指纹图谱，其成分之间的顺序，比值在一定范围内固定的，并且随药材品种的不同而不同，通过这些整体信息，可以很好地区分同是人参属植物的人参，西洋参和姜状三七，来辨别药物的真伪。
重现性：
“重现性”是指所建立的指纹图谱，在规定的方法与条件下，不同的操作者和不同的实验室应能作出相同的指纹图谱，其误差应在允许的范围内，这样才可以保证周围的使用具有通用性和实用性，也是作为标准方法的必备的特征之一，实现指纹图谱的重现性。除在样品制备方法、分析过程、结果处理等环节规范操作外，还应建立应用的评价机构，对指纹图谱进行客观评价，并公布标准指纹图谱。指纹图谱主要是用来表现，控制中药的化学成分的整体，故要有较好的重现性。
也只有做到系统性、特征性、重现性三个原则，才能保证中药指纹图谱标准化，做到统一规范，也只有这样才可以使中药指纹图谱得以推广应用。
当然，中药选择不复杂体系，基本特性之一是复杂性，其中包含了不确定度和一定的模糊性。这些问题和重现性的概念不同，可以在指纹图谱的数据处理中（如相似度的判断）采用适当的方法予以解决。
此外，还应考虑到指纹图谱的可操作性[46]，针对不同用途，选用不同分析方法来达到不同的要求。如对于质量控制应考虑工厂和药检所常规配备的仪器设备来建立的方法，一般以光谱和气相色谱、高效液相色谱为主。对于用指纹图谱来进行配备理论研究或新药开发研究，特别是化学成分和药理，药效相关研究，就应考虑采用联用技术，如GC/MS、HPLC/DAD/MS/MS等方法，获取大量信息，更有利于得到明确的结果。即使对质量控制来说，对中间产品指纹图谱的要求，特别是相似度的判断上，要求就可比最终产品低一些。
7. 中药指纹图谱的局限性[47,48]
   中药色谱指纹图谱的实验研究难度较大是不言而喻的，涉及的技术问题较多，需要通过更多的实践和共同努力逐步解决。
7.1 药材本身质量的稳定性
    中药是天然产物，中药的活性成分都是次生的代谢产物，本身就有它内在的不稳定性。我国药材品种多，不仅药材产地广而分散，加上求大于供造成的某些药材的资源破坏及内在质量下降，炮制加工的粗放造成成分的流失等问题的存在致使质量更不稳定，这绝对不利于色谱指纹图谱的研究和应用。尽管从足够的个体样本的色谱中归纳出可以代表物种唯一性的特征作为指纹图谱是可能的，但实现这种可能对药材本身的质量仍须有一个基本的要求。即将不稳定的因素减到最少。从这个侧面也显现了我国实施药材GAP的迫切和重要。
7.2 色谱指纹图谱的方法学问题
    首先各种色觉扑方法是互补的，任何色谱技术不可能“统吃”所有药材的分析，选择方法应视研究对象的实际需要和可能以及按照不同色谱技术的特点和优势而定。薄层色谱的优势是提供直观形象的可见光或荧光图象，即较柱色谱多了色彩这一“参数”，并可进一步数码处理数据，他的主要不足是“柱效”较低，对靠细微特征方可鉴别的指纹特征，灵敏度也嫌不够，对外部环境条件（温度、湿度）要求较高，操作要求规范熟练。高效液相色谱分辨率高，梯度洗脱加二极管陈列检测可得到三维图谱，但梯度洗脱及色谱条件要求越严，越难以达到良好的重现性。ELSD检测器可以解决没有紫外吸收的物质的检测，但却失去了三维图谱的特点。毛细管电泳的高分辨率也有其优势，大分子物质可能更适合，但重现性需要特别注意。挥发性成分当以气相色谱为主，但如何把握一个极为复杂的气相色谱图的处理是一个问题。
8. 前景展望
    随着各种分析技术的创新和提高，以及世纪各国对天然药物和研究的不断深入，中药材指纹图谱将会从方法学的研究层面逐渐向实际规范标准的方向溶化，使其在方法学和技术方面都更趋成熟和完善，其研究成果将大大提升中药质量控制的水平，为加速实现中药的现代化和国际化奠定坚实的技术基础。

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